Üsküdar Meydanı'nda Marmaray İstasyonu inşası sırasında İstanbul Arkeoloji Müzeleri tarafından yapılan kazılarda çok sayıda eser ve mimari yapı bulunmuştu. İstanbul Büyükşehir Belediyesince yürütülen Üsküdar Meydan Düzenleme Projesi'nde Arkeoloji müzesi devre dışı bırakıldı. 6 Numaralı Koruma Kurulu bir karar vererek, SİT alanında müzeyi dışlayan kararında ‘’Kültür varlıklarına zarar vermeyecek şekilde gerçekleşmesi için gerekli hassasiyetin gösterilmesine’’ tavsiyesinde bulundu. Koruma Kurulu Başkanı Doç. Dr. Elif Örnek Özden karşı oy kullandığı karar ile kültür varlıkları müteahhittin insafına bırakıldı. Antik kentin izleri bulundu 2005 yılında Marmaray istasyon inşası sırasında Üsküdar meydanında yapılan kazılarda Khrysopolis antik kentine ait olduğu düşünülen liman kalıntıları, Geç Roma ve Bizans dönemine ait olduğu sanılan apsisli kilise yapısı ve altında 20’den fazla gömülü iskelet bulunmuştu. Gerekli koruma önlemleri alındıktan sonra üstü kapatılan kazı alanının meydanın çevresinde devam ettiği biliniyordu. O dönemde kazıların devam etmesi istenmişse de bu reddedilmişti. Meydanın altı üstüne getirilecek Üsküdar Meydan Düzenleme Projesi İBB Alt Yapı Projeler Müdürlüğü’nce sürdürülüyor. Üsküdar Evlendirme Dairesi önünden başlayarak, vapur iskelesine kadar uzanan alanda uygulama yapılacak. Proje ile Üsküdar Meydanı şu anki halinden 3 kat daha genişleyecek. Otopark kapasitesi artıracak ve yer altına otopark inşa edilecek. Şu anki belediye binası yıkılacak ve yer altı otoparkı yapılacak. Güneyde Ahmediye Meydanı ile başlayan yaya aksı, Hakimiyeti Milliye Caddesi ile meydana açılacak. Ayrıca Aziz Mahmut Hüdayi Vakfı ve Kara Davut Cami önünde iki farklı aktivite alanı oluşturulacak. Marmaray Projesi’ne ait yaya çıkışları; yer altı meydanı ve meydan beraber düşünülerek yeniden düzenlenecek. Bu kapsamda meydanda farklı yönlerde yaya sirkülasyonu sağlayan 7 farklı çıkış yer alacak. Üsküdar Meydanı’nda, Harem yönünden gelen taşıt yolu ile ulaşılan yer altı katlı otoparkı bulunacak. Günübirlik ticaret alanları, performans alanları vb. fonksiyonlara sahip olacak şekilde tasarlanan yer altı meydanı; istasyon yapısına kuzey ve güney yönlerden bağlanacak şekilde oluşturulacak.